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引物设计方法

发布日期:2013-08-08 16:44:02 【关闭】
摘要:
引物设计方法

Realtime PCR用引物一般设计为在目的基因50~180bp的区域进行扩增。引物的长度最好的20mer左右。不理想的引物设计一般有:①F,R引物的3’末端相互补、②引物3’末端附近GC含量较高、③引物内含有相互补的序列。
按如图10所示设计引物,用Taq DNA polymerase进行探讨,结果如图11所示。

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FSQh101d01091022.jpg

从探讨的结果来看,3’末端有2个碱基以上相互补的引物对,以及3’末端部分相互补且GC含量较高的引物对容易产生引物二聚体。
  与此相反,末端只有1个碱基相互补的组合,内部有相互补区域的引物则不会产生引物二聚体。但也有实验指导手册指出,末端只有1个碱基相互补,内部有相互补区域的引物并不理想,而当只能设计这样的引物的时候,建议多进行几组引物设计,最好预先试一下。
FSQh101d02091022
另外,虽然也可用引物设计软件进行设计,但通常情况下,不进行实际扩增实验并不能知道结果,因此最好对设计好的引物组合摸索条件。